インボイスの8割控除は2026年9月で終わる——10月から7割・「5割」と書いた解説が古い理由

インボイス制度（適格請求書等保存方式）には、免税事業者など適格請求書を発行できない相手からの課税仕入れでも、一定割合を仕入税額控除できる経過措置があります。この控除割合が2026年9月30日で80%の期間を終え、10月1日から70%に下がります。あわせて、経過措置の対象になる仕入額の上限も10億円から1億円に変わります。ところが、いまもネット上には「2026年10月から控除は5割になる」と書かれた解説が残っています。これは嘘ではありません——50%は改正前の予定で実在した数字です。ただしその数字が付いている時期が、いまの制度とずれています。この記事では、国税庁・財務省の一次情報だけを根拠に、①2026年10月からの正しい変更点、②「5割」の解説が古くなった理由、③自社の負担増を1行で計算する方法、④もう一つの期限である2割特例の終了、⑤2027年からの受け皿の違い（個人事業者と法人）を解説します。

2026年10月1日から何が変わるのか——8割控除が7割になり、上限が10億円から1億円になる

まず前提を1行で説明します。インボイス制度では、原則として適格請求書発行事業者（登録番号を持つ課税事業者）からの仕入れでないと、仕入税額控除ができません。ただし免税事業者などからの課税仕入れについては、制度開始から一定期間、控除割合を段階的に引き下げながら経過措置として控除を認めています。この経過措置の割合とスケジュールが、2026年度税制改正で見直されました。

表の右端が示すとおり、経過措置がゼロになる時期そのものが2029年10月から2031年10月へ、2年間延長されました。ゼロになる時期が延びた一方で、直近の割合（2026年10月〜2028年9月）は改正前の予定より20ポイント高い70%になっています。つまり「延びたが、下がり方も緩やかになった」というのが2026年10月からの変更の中身です。

もう1つの変更が、控除限度額です。一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）が、その年またはその事業年度で1億円（改正前は10億円）を超える場合、その超えた部分は経過措置の適用を受けられなくなりました。この見直しは2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。免税事業者からの仕入れが多い業種（下請け構造の外注費・フリーランスへの支払いが多い業種など）では、この上限が新たに効いてくる可能性があります。

「10月から5割になる」と書いた解説が今も多い理由——数字ではなく時期がズレている

ここがこの記事でいちばん伝えたいことです。「2026年10月から控除は5割になる」という記述を見かけても、それはデタラメではありません。改正前の予定では、2026年10月から3年間の控除割合はたしかに50%でした。上の表の「改正前の予定」列にある数字そのものです。

問題は、制度が改正されたのに、改正前の予定を前提に書かれた説明がそのまま残っていることです。改正後は、2026年10月からの2年間は70%で、50%になるのは2年遅れて2028年10月からです。同じ「50%」という数字は、いまも制度の中に存在します——ただし、それが現れる時期が2年ずれました。制度の解説記事の中には、改正前に書かれたまま更新されていないものが一定数あります。数字を検索して最初に見つけた記事をそのまま信じると、この2年のズレに気づけません。「いつ時点の情報か」を必ず確認することが、この制度を正しく読むための最初の一歩です。自社の仕入計画や資金繰りをこの数字で見直したい場合は、無料のAI導入診断・無料相談で現状を整理することもできます。

同じように「時期のズレ」がコスト計画を狂わせる話は、最低賃金の引き上げでも起きています。最低賃金2026年度はいつから・いくら？47都道府県別の想定時給と発効日の記事でも、「10月から一律に上がる」という思い込みが、実際の発効日とずれるケースを解説しています。

いくら増えるのか——免税事業者への支払額から1行で出す

ここからは実績ではなく、例えばの試算です。控除割合が下がると、免税事業者への支払いのうち控除できない部分（＝自社の新たな負担）が増えます。負担増は次の式で概算できます。

80%から70%へ、10ポイント下がる場合（2026年10月〜2028年9月）で試算すると、次のようになります。

免税事業者への年間支払額（税込）が500万円の会社なら、80%→70%の変化だけで年間約45,455円が新たな自社負担になる計算です。割合で言うと、支払額の約0.9%にあたります。さらに2028年10月に50%まで下がった段階（80%比で30ポイント減）では、税込500万円の支払いに対して約136,364円、支払額の約2.7%が新たな負担になる計算です。これらはあくまで「例えば」の試算であり、実績の数字ではありません。実際の負担は、免税事業者との取引額・取引先の数・自社の利益率によって変わります。

もう一つの期限——2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終わる

2026年10月にはもう1つ、見落とされやすい期限があります。2割特例（適格請求書発行事業者となる小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置）は、免税事業者からインボイス発行事業者になった小規模な事業者が、売上税額の2割だけを納めればよいという制度でした。この2割特例は、2026年9月30日までの日の属する課税期間で終了します。以降の課税期間には使えません。

2割特例が終わったあとの受け皿として新設されたのが、後述する3割特例です。両者の違いを整理すると次のとおりです。

2割特例を使ってきた事業者にとって、2026年9月30日を含む課税期間が最後のチャンスです。次にどの制度へ移るかは、個人事業者か法人かで分かれます。

個人事業者は3割特例、法人は簡易課税——2027年からの受け皿は分かれる

その受け皿として令和8年度税制改正で新しく設けられたのが3割特例（新設・小規模個人事業者に係る税額控除に関する経過措置）です。個人事業者である適格請求書発行事業者の令和9年分・令和10年分（2027年分・2028年分）の消費税申告について、課税標準額に対する消費税額から7割を控除することで、納付税額を売上税額の3割にできる制度です。適用には、①個人事業者であること、②基準期間（適用を受ける年の2年前）の課税売上高が1,000万円以下であること、③インボイス発行事業者の登録を受けていること、④免税事業者が適格請求書発行事業者となったこと、または課税事業者選択届出書の提出により事業者免税点制度の適用を受けられないこととなる課税期間に限ること、⑤確定申告書にその旨を付記すること、という5つの要件を満たす必要があります。

3割特例は個人事業者だけの制度です。法人は対象外です。国税庁のリーフレットの図でも、法人（12月決算の例）の令和9年12月期は「3割特例適用不可」と明示されています。

法人の受け皿として見直されたのが、簡易課税制度選択届出書の提出期限の特例です。2割特例・3割特例の適用を受けた事業者が、その適用を受けた課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限までに届出書を提出すれば、その翌課税期間から簡易課税制度を適用できます。この見直しは、翌課税期間が2026年10月1日以後に終了する課税期間である場合に適用されます。通常、簡易課税制度選択届出書は「適用を受けたい課税期間が始まる前日まで」に出す必要がありますが、この特例では事後的に、翌課税期間の申告期限までさかのぼって選べる形になります。

簡易課税制度そのものは、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税期間が対象です。みなし仕入率は、卸売業（第1種）90%、小売業・飲食料品の譲渡に係る農林漁業（第2種）80%、農林漁業（飲食料品の譲渡を除く）・鉱業・建設業・製造業・電気/ガス/熱供給/水道業（第3種）70%、第1・2・3・5・6種以外（第4種）60%、運輸通信業・金融保険業・サービス業（飲食店業を除く。第5種）50%、不動産業（第6種）40%と業種ごとに定められています。選択すると原則として2年間は継続適用が必要な点にも注意が必要です。

自社の取引先に免税事業者が何社いるかを確かめる方法

ここまでの制度は、いずれも「免税事業者への支払いがどれだけあるか」を自社が把握していることが前提になります。しかし、支払う側から見ると、これは思ったより簡単ではありません。

会計ソフトへの入力や請求書の整理そのものをAIに手伝わせる方法は、経理業務でAIに任せられること・任せられないことの記事でも解説しています。判定作業は最終的に人の確認が必要ですが、確認の手順自体は次のように整理できます。

よくある失敗・NGパターン5つ

• NG1：「10月から5割」という古い情報のまま資金繰りを計画する。2026年10月からの2年間は70%です。50%になるのは2028年10月から。前半で解説した2年のズレに気づかずに計画すると、想定より負担が軽く済む時期を「もう下がった」と誤認します。
• NG2：控除限度額（1億円）を超えているのに気づかない。改正前は10億円までが対象でしたが、2026年10月1日以後に開始する課税期間からは1億円が上限です。免税事業者からの仕入れが多い会社ほど、この上限に近づいている可能性があります。
• NG3：法人なのに3割特例が使えると誤解する。3割特例は個人事業者だけの制度です。法人が2割特例終了後の受け皿を探す場合は、簡易課税制度選択届出書の提出期限の特例を確認してください。
• NG4：免税事業者かどうかを、登録番号の有無だけで判断する。番号が無い請求書は「免税事業者だから」なのか「課税事業者だが書き漏れ」なのか、請求書単体では区別できません。国税庁の公表サイトでの確認が必要です。
• NG5：簡易課税の届出期限の特例を知らず、通常の期限で判断してしまう。通常は「適用を受けたい課税期間が始まる前日まで」に届出が必要ですが、2割特例・3割特例の適用を受けた事業者には、翌課税期間の確定申告期限まで提出できる特例があります。この特例を知らずに通常のスケジュールで動くと、切り替えのタイミングを逃します。

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よくある質問

まとめ

2026年10月1日から、免税事業者への支払いに使える仕入税額控除の経過措置は80%から70%になり、対象になる仕入額の上限も10億円から1億円に下がります。「10月から5割になる」という解説がいまも残っているのは、改正前の予定を前提に書かれたまま更新されていないためです。50%という数字自体は、2028年10月から実際に訪れます。あわせて、2026年9月30日を含む課税期間で終わる2割特例、2027年からの受け皿となる個人事業者向けの3割特例、法人が検討すべき簡易課税制度選択届出書の提出期限の特例も、時期を混同しやすいポイントです。具体的な適用可否や税額の判断は、顧問税理士または所轄の税務署に確認してください。まずは、自社が免税事業者へどれだけ支払っているかを、この記事の確認手順（登録番号の記載→実在性の確認→少額かどうか）で洗い出すところから始めることをおすすめします。